Advanced statistics and 'R'

Course goals

Leerdoelen  
Na het voltooien van deze cursus kun je:

• redeneren over en rekenen aan kansen en kansverdelingen,
• basisbegrippen uit de statistiek uitleggen en gebruiken in redeneringen,
• gegeven een vraagstelling, zelfstandig een geschikte onderzoeksopzet ontwerpen,
• gegeven een onderzoeksopzet of verzameling gegevens, zelfstandig bepalen welke analyses geschikt en van toepassing zijn,
• een reeks binnen de biologie veelvoorkomende statistische analyses toepassen en hun uitkomsten interpreteren,
• gegevens bewerken en analyses uitvoeren met behulp van de statistische software ‘R’ en de gebruikersomgeving ‘R Studio’,
• de resultaten van statistische analyses, conclusies, en de verantwoording van gemaakte keuzes vastleggen in een wetenschappelijk verslag,
• gepubliceerd onderzoek kritisch beoordelen,
• een aantal veelvoorkomende misvattingen, misinterpretaties, dwalingen en vergissingen uitleggen en vermijden.

Vaardigheden

• Het programmeren van scripts in ‘R’,
• Het schriftelijk vastleggen van statistische resultaten in een wetenschappelijk verslag.

 

Vaardigheden	Onderdeel van de cursus	Expliciet getoetst?
Schrijven	X	X
Mondeling presenteren
Omgaan met data	X	X
Praktische onderzoeksvaardigheden	X
Onderzoeksvaardigheden	X	X
Samenwerken
Kritisch denken	X	X
Loopbaanoriëntatie
Interdisciplinariteit

 

Content

Ingangseisen
Niveau 1 cursus Biologische Modellen of statistiek (of de voormalige cursus Kwantitatieve Biologie) of kennis van de statistiek vergelijkbaar hiermee.
Als je bovengenoemde cursus niet hebt gehaald maar wél een voldoende hebt gehaald voor Deeltoets I “Basisprincipes van R en Basiswiskunde” en Deeltoets III “Statistiek” kun je een verzoek indienen bij de coördinator. Alleen als de coördinator akkoord is, kun je je aanmelden. Vermeld in dat geval op het 2^e- en 3^e-keuzeformulier wat de situatie is en dat je toestemming hebt van de coördinator.

Voor MBLS studenten geldt dat zij deel kunnen nemen aan de cursus indien zij vooraf H1, H2, H3, H4, H6, en H10 uit het boek The Analysis of Biological Data van Whitlock & Schluter (3^e editie) hebben bestudeerd.

Studie-interesserichting
De cursus is onderdeel van de studie-interesserichtingen Gedragsbiologie, Ecologie en Natuurbeheer, Evolutie en Biodiversiteit, en Theoretische Biologie en Bioinformatica, en is aanbevolen voor Neurobiologie.

Taal
De cursus wordt volledig in het Engels gegeven. De studenten mogen antwoorden en verslagen in het Nederlands of Engels schrijven.

Inhoud
Statistische analyse van gegevens en het werken met programmeertalen zijn cruciale vaardigheden in de wetenschap en in de arbeidswereld. In deze cursus zal je een solide basis voor deze vaardigheden leren.

In deze cursus zal je je kennis van statistiek verdiepen. Je leert zelfstandig gegevens te bewerken en statistische analyses uit te voeren met behulp van de statistische software ‘R’ en de gebruikersomgeving ‘R Studio’.

Je zal leren over verschillende statistische toetsen, waaronder de binomiale toets, chi-kwadraattoetsen, Fishers exacte toets, t-toetsen en ANOVA. De cursus zal ook de relatie tussen deze toetsen en lineaire modellen belichten. Je zal veel standaardgereedschappen in statistische analyse leren, zoals het corrigeren voor covariaten, computer-intensieve methoden zoals permutatietests, en een inleiding krijgen tot complexe toetsen zoals generaliseerde lineaire modellen.

Belangrijk is dat je ook wordt aangemoedigd om kritisch na te denken over dataverzameling, potentiële beperkingen van een studie, hoe je dergelijke beperkingen kunt voorkomen met een goed experimenteel ontwerp en hoe je ze kunt aanspreken in je statistische analyse.

Werkvormen
Zelfstudie, hoorcolleges, en werkcolleges waarin intensief gebruik wordt gemaakt van computers.

Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt zowel in het tentamen als voor het eindcijfer. Tijdens de cursus zul je verschillende opdrachten moeten inleveren, dit is vereist om de cursus te voltooien. Het vak eindigt met een digitale tentamen. Zowel opdrachten als tentamenvragen zijn in het Engels. Je mag je antwoorden en verslagen in het Nederlands of Engels schrijven. Je eindcijfer wordt berekend uit je resultaten voor de opdrachten en de toets. De verdeelsleutel wordt bij aanvang van de cursus bekendgemaakt.

Studiemateriaal
Verplicht:

• The Analysis of Biological Data, 3^e editie. M.C. Whitlock and D. Schluter, 2020.
• Werkboek “Course guide Advanced Statistics and R” die door de docent beschikbaar wordt gesteld.
• Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld.